农家肥是指农民自行将粪便、厩肥或农作物秸秆等堆制而成的有机肥料。二者之间的区别：一是有益微生物差异。生物有机肥含有大量的有益微生物，能够改善土壤的理化性状，抑制有害微生物的生长，促进作物生长；农家肥微生物含量较少，有益微生物和有害微生物共生。二是肥效较差。生物有机肥发酵时间短，腐熟彻底，养分损失少，肥效相对较快；农家肥露天长期堆制，养分特别是氮素养分损失较多。三是安全性差异。生物有机肥经过有益微生物的作用，基本消灭了畜禽粪便中原有的对作物有害的虫卵和病原茵；农家肥自然发酵，不受人为因素的控制，内含对作物生长有害的病虫。另外，生物有机肥经过发酵，充分腐熟后施入土壤，不会造成作物烧根烧苗，而农家肥腐熟不彻底，用量稍大，就会出现烧根烧苗，导致减产。