根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条和《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条的规定，对于企业因违约而承受的处罚性开支，如土地闲置费及契税滞纳金等，不属于按税法规定正常开支的成本费用和国家统一规定交纳的有关费用，也不属于在转让环节缴纳税金的范畴，不能作为扣除项目金额。因此，在计征土地增值税时不能予以扣除。